Princip rada mikrotoma je relativno jednostavan, tj. Upotrebom oštre površine rezanja mikrotoma objekt i materijal se režu na komade u skladu sa odnosom ili širinom jedne tačke. Za upotrebu u proizvodnji ili u farmaceutske ili druge svrhe.
Različite metode rezanja su takođe različite, kao što je tretman ćelija ili tkiva u eksperimentu, tako da je pogodno posmatrati eksperiment pomoću mikroskopa. Rotacioni i klizni mikrotom za optičke mikroskope
U industriji papira, također je potreban rezač, koji je pogodan za rezač noža, rezač bubnjeva, spiralni rezač i slično. Rezač se sastoji od glave za rezanje, kućišta, korita za hranjenje i prijenosa. Princip rada je da se koristi glava teškog rezača da funkcionira kao zamašnjak za stabilizaciju rezanja.
Drugi je da se polimerna traka reže na pelete. Za to je potreban poseban mikrotom koji se sastoji od vodilice, potisnog valjka, pritisnog valjka i rotacionog rezača. Princip rada je: disk rezača se pokreće preko kontinuirano varijabilnog prenosa, a potisni valjak se pokreće diskom za rezanje kroz set menjača, a disk rezača je opremljen većim brojem lopatica prema veličini cut pellet. Promenljiva brzina se može sama promeniti da bi se promenila dužina reza, a kontinualno promenljivi menjač može da promeni brzinu trake.